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据说生物进化的主要证据是化石 ，但是 ，正如美国芝加哥《实地博物馆馆报》提出：“达尔文的理论一直被认为跟化石证据有密切关系 。一般人也可能以为，支持达尔文的生物演化过程的论据 ，主要来自化石。可惜 ，这个看法不大正确 。无论当时还是现在找到的地质记录，都不能证明生物是通过一连串缓慢而渐进的过程逐步进化的 。物种在生物史上都是十分突然出现的 ，在纪录上全无改变的迹象 ，或者只有很少，然后就在纪录上忽地消失了。此外，下一代是否真的比上一代更加适应环境 ，也往往不很清楚 ，而事实上很少是清楚的 。换言之，生物结构上的进步是很希罕的 。 ”（第50卷 ，第1号 ，22-23页)
《新科学家》承认说：“很可惜，化石纪录却不如所料 ，因为个别物种的化石之间甚少有已知的中间类型加以连接。其实可考的化石物种看来经过千百万年也并没有进化 。 ”
脊椎动物学家哈劳·哥芬（Harold Coffin）说：“显然曾有很多的适应发生 ，但这种适应的改变有没有实际使一大族类的生物进化为另一族类呢？来自科学的证据并不支持这样的改变 。”
自然科学家约翰·摩尔摩尔（Moore）教授说: “绝对没有任何实验的例证表现曾有一种动物变成另一种，或有一种植物变成另一种。以健全的科学方法促成而可被适当地列为改变的唯一证据仅限于在一类或一族动物范围之内或在一类或一族植物范围之内所发生的遗传变易。 ”
研究人员常用某些化石记录来证明进化论的真确性 ，但就算是这些化石记录也常常引起争议 。比如说 ，谈到鱼和两栖动物的化石，生物学家马尔科姆·戈登（Malcolm S. Gordon）说 ，所找到的化石代表性不足 ，“不大可能反映那些年代这两类生物的多样性 。我们无法知道化石显示的生物彼此有没有关系，跟后来出现的生物又有没有关系。 ”《Biology and Philosophy》，340页
“拿出一系列化石 ，声称化石所显示的生物有亲缘关系 ，这不是个能验证的科学假设，而是个一厢情愿的说法 ，其可信程度相当于床边故事 ，虽然动听，也许还有点教育意义 ，却并不符合科学 。”——《探索远古年代——放下化石记录 ，走向新的生命史》116-117页，亨利·吉着（Henry Gee）
科学家希钦（Francis Hitching）写道：“你若找寻各大类动物之间的连系 ，就会发觉根本没有这种连系存在 。令人出奇的 ，就是化石漏洞很有规律：在所有要紧的环节上都缺掉化石。 ”《长颈鹿的脖子》
达尔文自己承认说：“各种类型都截然独特，异类之间又没有无数过渡性的环节将其连接起来 。这都是明显的困难 。 ”《物种起源》 ，54页
古生物学家戴维?劳普（David M. Raup）说：“无论是在达尔文时代还是在今天 ，地质学家都发现：化石记录是断断续续的，物种在生物史上都是突然出现的，出现后没怎么改变 ，然后突然消失。”《Field Museum of Natural History Bulletin》
有好几种会飞翔的动物都有化石可考 ，其中包括鸟类 、蝙蝠 、绝了种的翼指龙 。根据进化论，这些动物必然是从过渡性的祖先进化而成的 。可是从来就没有这种过渡的类型被人发现过 ，连半点线索都没有。有没有任何长颈鹿的化石 ，脖子只有现在长度的三分之二或者四分之三呢？有没有任何雀鸟的化石，喙部正在由爬行动物的颚变出来呢？有没有任何鱼类的化石证据 ，展示鱼类正在发展出两栖动物的骨盆 ，或者有鳍刚要变成两栖动物的腿、足 、趾呢？事实摆在眼前：要往化石纪录里找寻诸如此类在发展中的特征，是白费工夫的 。
查考过化石记录所提出的证据后 ，生物学家乔纳森·威尔斯（Jonathan Wells）写道：“以界 、门、纲的层面来说 ，生物有共同祖先并逐渐进化显然不是 科学家凭观察所得的事实 。从化石记录和分子结构所提出的证据看来，进化论是站不住脚的。 ”
遗传学家斯特宾斯（Stebbins）写道：“目前各主门动植物之间并无过渡类型。各大类有机体之间存在着一个个深沟 ” 。《生物进化的过程》, 147页 。“事实上 ，”《新编进化时间表》说 ，“化石纪录在不同物种之间连一个确确凿凿的过渡连环也不能够提供出来。”
古生物学家司提芬·杰伊·各特（Stephen Jay Gould）写道:“化石学家几乎没有记录证明缓慢与规律性变质的事例，由山坡地层逐尺而上——没有马的例证，也没有人的例证 。反之 ，大多数化石品种均有两个共同特色:第一 ，在它们整个生存过程中，它们并没有发生任何显著变化；其次 ，它们突然出现在记录中 ，替换它们的祖先或与之共存 。简而言之，停滞与突然替代在多数品种的历史上出现。 ”
这一点符合伦敦地质学会和英国古生物学协会所作的大规模研究 。自然科学教授约翰?穆尔就研究所得提出报告说：“有120位全是做专门研究的科学家 ，合写了一部厚800页共分30章的巨著 ，胪列动植物的化石纪录，把物种分成大约2500组 。研究显示 ，各大种 、类的动植物都自有一个与别的种 、类毫不相混的独特历史！各组动植物都是在化石纪录中突然出现的。鲸类、蝙蝠 、马类 、灵长类、象类、野兔 、松鼠等等 ，全部都截然不同，由最初出现直到现在都是这样 。纪录中丝毫没有共同始祖的痕迹 ，至于和所谓的祖先——爬行动物——就更不用说有什么连系了 。 ”《进化论应该被教导?》 9, 14, 24页
动物学教授杜辛斯基（Theodosius Dobzansky）写道：“生物世界并不是由彼此有关的许多生物所组成 ，其中任何两种均由一连串渐进的生物所连贯起来。反之各类生物都或多或少是独特的，居间的生物可说是绝无或至少极为稀罕的 。”
古生物学家辛浦森（George Gaylord Simpson）写道：“事实上大多数的生物类别和种属都是突然在岩石中出现的，它们比较早时候的生物群在许多方面截然不同 ，这种互不连续之处在较高级的动植物生物群中更几乎是普遍的现象 。 ”
航天工程师卢瑟?萨瑟兰（Luther D. Sutherland）在其著作《达尔文之谜》一书中写道：“科学证据显示 ，每逢有不同品种首次在地球上出现，不论小至单细胞生物 ，大至人类 ，都是一出现就已经是完整的，其中的器官和组织都是完整而且功能齐全。这样的事实使我们不得不提出以下的推论：当生命在地球上首次出现之前 ，某种智慧已经存在。 ”
物理化学家唐纳德?奇蒂克（Donald E. Chittick）评论说：“假如你直接察看化石记录 ，就会同意创世记所说，动物都是各从其类地繁殖的 ，并没有由一种生物变成另一种生物 。现在所掌握的证据 ，跟达尔文时代所掌握的一样，都与创世记记载的直接创造互相吻合 。动植物不断各从其类地繁殖。事实上 ，古生物学和达尔文进化论的分歧实在太大了 。因此 ，有些科学家开始相信，那些失落的环节是永远也找不到的 。”
生物化学家高尔（Gower）在英国肯特郡《时报》发表评论说：“创世记的创造纪录与进化论水火不相容。其中必然一方正确，一方错误 。化石的历史与创世记吻合 。在最远古的岩石里 ，我们并没有找到一系列的化石可以显示 ，由最原始的生物到高度发展的生物之间有逐渐演变的过程。相反地，在最远古的岩石里 ，高度发展的物种是遽然出现的 。物种和物种之间 ，完全没有任何中间化石可言 。 ”
动物学家科芬说：“对不信宗教的科学家来说，化石——古代生物的遗迹——就是最高的终审法庭了 ，因为化石纪录是科学上惟一信而有征的生物历史。如果化石历史与进化论有出入的话——而我们的确看见两者有出入——这表示什么呢？这表示植物和动物的基本类型都是创造出来的 。化石纪录的基本事实支持创造而非进化 。单是根据事实 ，根据地底下实际的发现来看，最符合证据的理论就是：各大类生物是经过突然的创造之举而确立起来的。 ”（《自由》12 ，14页）
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