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为什么需要发酵
腐熟是有机肥料分解过程的一个阶段 。在这个阶段，有机物已经变到不能辨认它原来的形态 ，成为一团黑色松软的物质 ，有时有臭味，在原重量上失去原来的三分之二（一般3吨有机肥原料可以腐熟1吨有机肥），在碳氮比率上变得较小 。
有机肥料施用前要强调腐熟 ，是因为没有腐熟的有机肥料中 ，所含的养分形态绝大部分是迟效态的，作物不能直接吸收利用。不经腐熟的有机肥施入土壤中 ，不仅肥效差 ，而且还会滋生杂草和传播病菌和虫卵 。因此，有机肥料腐熟的目的是为了释放养分提高肥效 ，同时避免肥料在土壤中腐熟时产生某些对作物不利的影响 ，特别是产生的高温，容易“烧苗 ” 。
原理
腐熟的有机肥一般需要两个阶段 ，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程 ，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟 。
第二阶段：温度初见降低 ，氧气吸收率降低 ，臭味完全消失 。相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物 ，嗜温微生物菌落重新建立 ，从而有助于有机肥腐熟 、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收 ，产生高温 ，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低 ，肥堆颜色逐渐变化 ，需保持良好的曝气和水分控制 。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌 、真菌和细菌为主 ，主要分解糖类和淀粉 。甚至有源生物动物和动物参与。高温阶段：腐熟温度达到45℃以上 ，嗜温微生物被抑制，嗜热主导 。可溶解的有机物继续被氧化分解 ，复杂的有机物（纤维素、半纤维素 、蛋白质 、木质素）也开始被分解 。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。最佳腐熟温度为55℃ ，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死 。降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖 ，占据优势 ，对残余难分解的有机物作进一步分解 。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低 ，温度下降 ，肥堆逐渐趋于稳定。
分类
2 、厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程 。最终产物除腐殖质类有机物 、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质 。工艺简单 、不需进行通风,但反应速率缓慢 ，堆肥化周期较长。
1 、好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分 、温度和通风的情况下 ，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇 ，反而有淡淡的泥土味。
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