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植物保护专业的主干课程教材有以下五本：
1.《普通植物病理学》：是研究植物病害发生的原因 、病原物和寄主之间的互相关系以及如何控制植物病害发生的一门理论性较强的专业主干课程；
2.《普通昆虫学》：是研究昆虫生命活动基本规律的学科 ，包括昆虫形态学 、昆虫生物学、昆虫生理学 、昆虫生态学和昆虫分类学等学科的基础；
3.《农业植物病理学》：书中对各类作物重要病害进行了较为系统的叙述 ，并附有典型症状图和病害循环图；
4.《农业昆虫学》：是研究农业害虫的发生 、发展、消长规律及防治措施的一门科学；
5.《植物化学保护》：本书各论部分包括杀虫剂 、杀菌剂及杀线虫剂 、除草剂、杀鼠剂 、植物生长调节剂 。实验实训项目精炼，涵盖了植物化学保护实践所需的主要技术 。
寄生虫学与寄生虫病学这门学科 ，主要是研究寄生虫的生命规律及控制寄生虫病手段 ，为动物生产服务，同时也为保障人民健康服务。自40年代末至60年代中期 ，孔繁瑶主要从事马属动物和反刍兽线虫的分类学研究 。他查阅了大量的资料 ，检查核对了大量的标本，发现了原来分类中的某些混乱，进而吸引着他开展了深入的研究 ，在马属动物圆线虫的地理分布和广义盅口属的分类方面 ，取得了国内外最系统完整的资料，并发现一些新种和建立了新属；提出了不同于苏联叶尔绍夫 、荷兰依莱、美国麦肯塔等权威人士的见解 ，1960-1964年发表在《畜牧兽医学报》和《动物学报》上的论文走出国门 ，进入了国际文摘 。尽管“文革 ”10年，孔繁瑶和许多学者一样不得不中断研究 ，但他已取得的成果 ，特别是他对广义盅口属分类的修订见解和方案，已为国际上许多学者所承认和采纳。1972年 ，美国农业研究中心寄生虫分类与地理分布研究室主任李奇顿费尔博士发表一篇文章 ，引用了孔繁瑶的观点 。他是看到孔繁瑶的文章后，请华人为之译成英文 ，并认同了他的观点 ，只在命名上作了少许修订；在他1975年所著的《马的蠕虫》一书中，把荷兰的依莱（1922）、苏联的叶尔绍夫（1943） 、美国的麦肯塔（1951） 、中国的孔繁瑶（1964）排列在一起，同为此方面研究中做出重要贡献者 。1995年7月 ，全美寄生虫学会和全美兽医寄生虫学会联合年会上 ，会议大厅内展出了72 位世界知名寄生虫学家照片，在美留学的北京农业大学学子白广星、唐建明十分激动 、十分自豪地在孔繁瑶像前合影留念 ，并在照片后题字——“奇妙的邂逅 ”。1980年 ，孔繁瑶主持的“中国马属动物圆线虫的地理分布和广义盅口属的分类修订”项目获农业部技术改进一等奖 。
由于长期潜心研究，孔繁瑶对兽医领域的整体发展和寄生虫学各分枝的发展均有较为清醒的认识 。80年代以后 ，他在国内率先带领研究生进行了线虫体外培养 、球虫的生活史、生化及电镜结构和锥虫的免疫与地理株的研究 ，使我国的寄生虫研究由形态描述发展到实验研究与分子寄生虫学阶段，为探索线虫的免疫 、药物筛选 、抗药性测定以及线虫生理生化的研究创造了条件。在担任兽医系系主任期间 ，他作风民主 ，领导班子团结合作，使该系工作大有起色。在科研工作上 ，他有远见 ，善于抓苗头 。当时，实验动物科学在我国农业系统是一门新兴学科，基础相当薄弱 ，急需迎头赶上 。他抓住这一新的课题 ，组织班子，成立实验动物教研组 ，承担农牧渔业部委托农大组建农业生物实验动物中心的任务 ，筹划成立农业实验动物专业，并于1985年开始招生。
继而 ，他又带领研究生将分子生物学技术引入寄生虫学 ，在虫株演化、锥虫免疫 、蜱免疫等方面取得了很好的进展 。孔繁瑶带领同仁较快 、较早地把握，跟踪了时代潮流 。
作为学术带头人 ，他治学严谨 ，作风正派。不仅自己提出新观点非常慎重，对研究生和青年教师提出的学术新概念 ，也在给以鼓励的同时 ，要求全面地查资料，把工作做实做细 。在科研经费使用上，买仪器、试剂他从不吝啬 ，但绝不用于请客吃饭之类 。他与本专业同仁共同努力 ，承担了多项农业部重点 、博士点基金 、自然科学基金项目，10年中有11项科研成果荣获省部级奖励 ，如他主持的“宁夏固原地区寄生虫线虫区系分类研究 ”获宁夏人民政府1986年科技成果二等奖；作为主要参加者之一 ，在“北京鸭毁灭泰泽球虫和菲莱氏温扬球虫的生活史、生物学、病理学 、诊断和防治 ”研究中，首次详尽地研究了两属两种球虫的内生发育及其致病性 ，并在防治工作中获得良好的经济效益 ，从而获得1983年农牧渔业部技术改进一等奖。北京农业大学兽医寄生虫学与寄生虫病学于1988年被国家教委列为全国重点学科 。
值得一提的还有一件事，就是孔繁瑶较早地开拓了国内植物线虫的研究领域 。1966年 ，由著名植病学家林传光教授推荐 ，孔繁瑶到荷兰瓦赫宁根大学研究生班进修植物与土壤线虫学。夜以继日的学习为他后来的植物线虫学的教学与研究奠定了基础 。中国农科院和林科院都有人选修他的植物线虫学课程 。植物线虫寄生在植物的组织和根部的土壤中，对农作物和树木危害很大 ，南京中山陵的松树就受到松材线虫严重危害 ，孔繁瑶指导研究生运用线粒体DNA研究松材线虫的虫株演化，探求防治方法，为农林业生产服务。
孔繁瑶著有《家畜寄生虫学与侵袭病实验指导》（主编） 、与熊大仕教授共同主编的《家畜寄生虫与侵袭病学》和《家畜寄生虫学》（主编）等书 ，发表有关线虫、原虫等方面论文60余篇。
孔繁瑶的学识和教学效果 ，在农大和兽医学界有口皆碑 。不仅校内学生爱听他的课，校外也有许多相关专业的学生选修他的课 。他过去的学生有的如今已是教授了 ，孔繁瑶的课也已听过几遍 ，但现在有时间仍去听，一方面重温他的教诲 ，另一方面是对自己教学的启发。
教书育人是教师的天职 。而近些年在高校中 ，教学往往不如科研受重视 。孔繁瑶一直十分重视教学，他认为：教学和科研是一名教授必备的两个条件 ，搞科研可以提高学术水平 ，使教学具有启发性 、弹性和外延性。但只搞科研不搞教学便不能称之为教授 。他考虑，从短期看 ，科研比教学易见到效果 ，有经费，有奖励，看得见摸得着；但从长远来讲 ，教学的社会效益比科研要大 。特别是目前的“短线”科研 ，往往难以取得世界级的学术水平，而期望其转化为生产力 ，则往往比研究期限还长；而精心培养的人才一批批走向社会 ，15年，20年 ，在社会上发挥的作用可以说更大。当然 ，良好教育效果不是一个人的力量所能实现的，要靠集体的力量 。因此 ，大学应该给教学以足够的关注 ，使更多的人真正理解教育的重要性及其所产生的社会效益 。
几十年来，在寄生虫学 、植物与土壤线虫学、寄生虫学实验技术 、寄生虫专题等大学生和研究生课程的教学中 ，孔繁瑶旁征博引 ，循循善诱，使学生受益匪浅。他讲课的内容从宏观到微观，从一般到具体 ，从理论到实践 ，适当穿插所涉及的重大历史事件 、国际上的科学发现和谬误的产生，条分缕析 ，娓娓道来 。更令人钦佩的是他往往是口里讲着 ，同时在黑板上写出了寄生虫的拉丁文名称，勾画出寄生虫和家畜的形态 ，并用红笔点出寄生虫在家畜体内寄生的部位 。图文并茂 ，深入浅出，把原本很枯燥的课讲活了。难怪很多人都说：听孔先生的课简直是一种艺术享受。正是在这种艺术享受之中 ，他们学到了知识 ，开阔了思路，懂得了做学问和做人的道理 。
他很替学生考虑 ，珍惜学生的时间 ，希望他们能利用较短时间获得更多的知识、技能和思路 。在传授知识中蕴含思想品德的熏陶 、科学思维的启迪是孔繁瑶教学的另一个特点。比如他讲疟原虫，从19世纪90年代对疟原虫的科学认识开始，及传播媒介的发现到20世纪前10个年头（1902-1907年）科学家们荣获两项诺贝尔医学奖的一段历史 ，使学生们深刻认识到重大成就是知识的积累 ，由量的积累达到认识的飞跃 。教育学生搞研究要踏实，老实 ，要有坚实的功底 。研究生们反映：听孔先生的课 ，不仅丰富了知识储备，增强了科学胆略和选题的艺术 ，而且还提高了哲学思想水平 ，树立了正确的思维方法。
孔繁瑶以教书育人为己任，律己颇严 。他上课 、开会从不迟到 。由于兼任社会工作较多 ，有时白天出去开会 ，晚上便赶回学校给学生补课；每逢新生入学、毕业生离校之际，院里总是请他给学生作报告 ，因为他知识面广 ，阅历丰富，讲演结合实际而又生动风趣，无空话 、套话 ，学生们都很爱听 ，教育效果十分显著。孔繁瑶1984年被评为农牧渔业部部属重点高等农业院校优秀教师，他主编的《家畜寄生虫学》荣获1988年国家教委颁发的“全国高等学校优秀教材奖 ” 。优秀教材在全国用了17年 。孔繁瑶还有一本中 、英文并举兼具图形的备课手稿 ，硕士生课程用的《寄生虫学》 ，内容已超出兽医范围，被他的学生、现任动物医学院副院长汪明看到后 ，拿去胶印 ，研究生们都觉得这本教材基础性很强，很珍贵。
几代学子对孔繁瑶有一个共同的评价——博学多才 ，温文尔雅；平易近人 ，循循善诱；工作兢兢业业，为人谦和宽厚 。他有一副健康的体魄 ，年轻时 ，在华北运动会上曾夺得青年男子组800 米田径赛第一名 。他喜欢书法、绘画 、诗词，喜欢静静地读书。不论是学生还是同事，在别人那儿谈不明白的事都愿意找他谈。他修养极好 ，从不厌烦 。与他谈话都觉得轻松 、愉悦 ，启发思考 。林昆华教授说：我从学生时代接触孔先生以及后来一起工作37年，从没见他跟谁发过火。有时学生做错了事 ，他总是耐心地讲道理 ，指出正确的做法，使人心悦诚服 。因此学生、同事都很敬重他 。孔繁瑶对研究生的论文修改非常细致 ，不仅做专业上的修改 ，连文字甚至标点的错误都给改过来。他培养研究生近20名，他们均学有所成 ，其中有的学位论文被评为优秀；有的科研成果已获部级奖励 。有的在国外继续深造或谋求新的发展；有的在国内教学 、科研中已成为业务骨干和领导 。
孔繁瑶还为整个寄生虫学界的师资队伍建设作出了较大贡献。1955年 ，孔繁瑶作为熊大仕教授和当时教育部顾问 、苏联专家叶尔绍夫教授的主要助手，协助两位教授 ，举办了全国寄生虫学师资讲习班（包括医学院、综合性大学和中科院系统） ，在新中国成立初期普及寄生虫学知识和技术 、培养寄生虫学专门人才中发挥了重要作用 。“文革 ”后，百业待兴 。高校和科研单位队伍遭受摧残的危机已显露出来，许多搞寄生虫的人对国际进展知之甚少 ，有些不知所措。在农业部科技司和教育司的支持下 ，孔繁瑶于70年代末和80年代初先后组织开办了5次培训班，参加者以农口为主 ，也有生物学界和医学界的 。当时农大刚迁回北京不久 ，各方面条件都很困难 。孔繁瑶不仅承担了组织工作，还亲自授课 ，介绍国际上寄生虫学的发展。为该学科的教学和科研培训了300 多名业务骨干 ，推动了我国寄生虫学的发展。
孔繁瑶作为早期国务院学位委员会学科评议组的成员和兽医组召集人，参与兽医研究生教育学科点的规划和建设 ，参与兽医硕士点和博士点的评议工作 ，主持拟定了兽医寄生虫学硕士和博士生的培养方案 。1984年，孔繁瑶应邀参加在马来西亚吉隆坡举行的“热带兽医教育国际讨论会” ，在大会上作了“中国兽医教育 ”的主题发言 ，全面介绍了中国兽医教育的体制 、规模和特点，引起与会各国代表极大的兴趣 。他的发言稿全文载入大会出版的《热带兽医教育》一书中。1987年，在加拿大举行的23届世界兽医大会上 ，孔繁瑶应大会组织者之一美国普渡大学教授S.M.D戛法的邀请 ，作了“中国兽医教育的过去、现状和未来 ”的专题书面发言，再次向世界介绍了中国的兽医教育 。这次虽然由于经费问题而没有赴会 ，但仍获得大会颁发的贡献奖 。
在第七 、第八届全国政协委员会任职期间 ，他一直不负众望，尽职尽责。1996年12月 ，他的“在农村开展防治猪囊虫病的科普教育”提案 ，成为在有1943位委员参与的8489件立案中评选出的125件优秀提案中的一员，《人民政协报》1997年2月4日在头版头条位置对孔繁瑶的提案进行了报道 。
“老骥伏枥 ，志在千里” 。如今年逾古稀的孔繁瑶仍精力充沛地活跃在研究生讲坛上。一年100多学时 ，依然总是白大褂 、白帽子，规范 ，准时 ，一丝不苟 。更令人欣慰的是，已有青年教师一直在听他的课，准备接他的班 ，并立题研究他的教学体系 ，以便使之得到发扬光大 。
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